ALCをパネルにした場合、扉や窓の配置はできないのでしょうか？

壁とビューの設定をご確認ください。

壁がパーツ化されており、かつビューのプロパティパラメータ[パーツ表示]の設定が[パーツを表示]になっている場合、Revitの仕様上建具を配置することができません。

ビューのプロパティ → [パーツ表示]のプルダウンメニューを[オリジナルを表示]に変更していただくと建具の配置ができるようになります。

壁をパーツに分割しても壁の編集が不可能になるのではなく、作業目的に応じて表示モードを変更してモデリングを行っていただく流れになっております。