１つのプロジェクト内で建物モデルの代替案を複数作成し、比較/参照したいのですが、どのように設定すればよいでしょうか？

プロジェクト内で複数の案を作成する場合は、
[デザインオプション]ツール（Revit標準搭載ツール）を使用するという方法がございます。

■手順

1.) [管理]タブ → [デザインオプション]パネル → [デザインオプション]ツールをクリック

2.) [デザインオプション]ダイアログにて[オプションセット]と[オプション]を[新規作成]してダイアログを閉じる
※[オプション]の名前も[名前変更]にて変更可能

3.) オプションに含めて変更を加える要素を選択し、[管理]タブ → [デザインオプション]パネル → [セットに追加]をクリック

4.) [デザインオプション セットに追加]ダイアログにてオプションを選択する

5.) [デザインオプション]パネルにて[オプション2]を選択し、建具のタイプと位置を変更する

6.) [デザインオプション]パネルにて[デザインオプション]を選択することで表示の切替が可能になる

■補足
デザインオプションに関する詳細は、Autodesk ヘルプにも記事がございますのでご活用ください。